تعتبر المعاجة البيولوجية لمياه المجارى من أهم مراحل المعالجة التى يجب تطبيقها على المياه فى المحطة وتهدف هذه المعالجة الى أكسدة المواد العضوية المختلفة الموجودة فى مياه المجارى وتحويلها الى مركبات مستقرة يمكن فصلها عن المياه ومعالجتها على انفراد وبالتالى الحصول على مياه خالية عملبا من التلوث العضوى , ويعتبر وجود الأوكسجين والبكتريا أهم عنصرين من العناصر المطلوبة لانجاح المعالجة البيولوجية اضافة الى شروط أخرى مثل درجة الحرارة ووجود بعض المغذيات المساعدة , ومن الطرق الشائعة للمعالجة البيولوجية
المرشحات البيولوجية .
الاقراص البيولوجية الدوارة .
الجماة المنشطة .
التهوية المطولة .
برك الاكسدة .
تعتبر طريقة المعالجة بالحمأة المنشطة من اكثر الطرق شيوعا فى الوقت الحاضر بسبب فاعليتها العالية فى المعالجة وسميت بهذا الاسم لانه يتم اعادة جزء من الحمأة المترسبة فى أحواض الترسيب الثانوية الى حوض التهوية

يتم فيها حجز المواد كبيرة الحجم العالقة أو الطافية على سطح المياه وهى عبارة عن قنوات مزودة بمصافى يدوية او ميكانيكية

يتم فيها ترسيب الرمال والمواد غير العضوية العالقة والتى يكون قطرها 0.2 مم فأكثر وكثافتها النوعية 2.65 فأكثر وتتكون من قنوات مزودة بحيز لتجمع الرمال

يتم فيها ترسيب أكبر كمية من المواد العضويةوغير العضوية العالقةاو القابلة للترسيب فى مياه الصرف الصحى بالاضافة الى التخلص من المواد القابلة للطفو

وهى تمثل مرحلة المعالجة البيولوجية والغرض من هذه المرحلة هو تحويل المواد العضوية الذائبة الى مواد عالقة قابلة للترسيب , وذلك عن طريق تنشيط البكتريا الهوائية والكائنات الحية الدقيقة وذلك بعد تزويدها بالأكسجين الازم عن طريق التقليب باستخدام الفرش الدوارة والتى تقوم بالتقليب المستمر للمياه

يتم فيها ترسيب المواد الصلبة العالقة والتى تكونت فى قنوات التهوية وهى عبارة عن حمأة

يتم فيها اضافة الكلور الحر الى مياه الصرف الصحى بعد معالجتها مباشرة قبل التخلص النهائى على المصرف